اولین اصل در جوجه کشی موفق استفاده از تخم مرغ پاک می باشد . برای تولید جوجه سالم هیچ جایگزینی برای تخم مرغ تمیز نیست . تخم مرغ های کثیف و یا حتی شسته شده را هرگز در دستگاه جوجه کشی قرار ندهیم زیرا خطر الودگی دستگاه بالا میرود . وقتی قرار است جوجه ای با حداقل مصرف انتی بیوتیک تولید کنیم ، تمیز نگه داشتن دستگاه جوجه کشی ،قرنطینه در طی پروسه تمیز کردن ،درجه بندی تخم مرغ ، تنظیم صحیح دستگاه ، ذخیره سازی تخم مرغ و فرایند درست ارسال جوجه به مزرعه جزو اولویت های ما قرار می گیرد . بعضی معتقدند که استفاده از فرمالدیید برای ضد عفونی کردن سریع تخم مرغها بار میکروبی انها را به حداقل می رسانداما باید با توجه به مسائل و قوانین محلی و نظر دامپزشک انجام شود .